2009-ம் ஆண்டு திமுக ஆட்சிக் காலத்தில் வைகோ மீது தேச துரோக வழக்கு தொடரப்பட்டது. இந்திய இறையாண்மைக்கு எதிராக பேசியதாக இவ்வழக்கு போடப்ப்பட்டது. இதை சென்னை சிறப்பு நீதிமன்ற நீதிபதி சாந்தி விசாரித்து இன்று தீர்ப்பளித்தார். 

இவ்வழக்கில் வைகோ, இந்திய இறையாண்மைக்கு எதிராக பேசியது நிரூபிக்கப்பட்டுள்ளதால் அவருக்கு ஓராண்டு சிறை தண்டனையும் ரூ10,000 அபராதமும் விதிப்பதாக அவர் தீர்ப்பளித்தார்.

வைகோவுக்கு ஓராண்டு சிறை தண்டனை விதிக்கப்பட்டுள்ளதால் ராஜ்யசபா எம்.பி. பதவிக்கு அவர் போட்டியிடுவதில் சிக்கல் ஏற்பட்டுள்ளதாக முதலில் கூறப்பட்டது. ஏனெனில் சிறை தண்டனை விதிக்கப்பட்டவர்கள் 6 ஆண்டுகாலத்துக்கு எந்த தேர்தலிலும் போட்டியிட முடியாது என்பது சட்டம்.

இருப்பினும் வைகோ தரப்பின் கோரிக்கையை ஏற்று அவருக்கான சிறை தண்டனை ஒரு மாத காலத்துக்கு நிறுத்தி வைக்கப்பட்டுள்ளது. இதனால் ராஜ்யசபா எம்.பி. தேர்தலில் வைகோ போட்டியிடுவதில் எந்த சிக்கலும் இருக்காது என கூறப்படுகிறது.

மேலும் உயர்நீதிமன்றத்தில் மேல் முறையீடு செய்து வழக்கில் இருந்து வெளிவர வாய்ப்புள்ளதாகவும் சட்ட வல்லுநர்கள் சுட்டிக்காட்டியுள்ளனர். இதையடுத்து வைகோ நானை மாநிலங்களவை எம்.பி. பதவிக்கு நாளை வேட்பு மனு தாக்கல் செய்ய உள்ளார். இது தொடர்பாக  வைகோ நாளை  இது தொடர்பாக  திமுக தலைவர்  ஸ்டாலினை சந்தித்துப் பேச உள்ளார்.