மத்தியில் இருந்த வாஜ்பாய் ஆட்சியை ஒரு வாக்கு வித்தியாசத்தில் ஜெயலலிதா கவிழ்த்தார். கடந்த 1998-ம் ஆண்டு நடைபெற்ற நாடாளுமன்ற தேர்தலில் பாஜக உடன் அதிமுக கூட்டணி அமைத்து போட்டியிட்டது. ஆனால் தமிழகத்தில் திமுக தலைமையிலாக ஆட்சி இருந்து வந்தது. பிரச்சாரத்திற்காக பிப்ரவரி 14-ம் தேதியில் அத்வானி தமிழகம் வந்தார். அப்போது பல்வேறு இடங்களில் குண்டுவெடிப்பு சம்பவங்கள் நிகழ்த்தப்பட்டன. அதில் 50 பேர் உயிரிழந்தனர். 

இந்த குண்டு வெடிப்பு சம்பவம் ஆளும் திமுகவிற்கு பெரும் பின்னடைவாக அமைந்தது. இந்த குண்டு வெடிப்பு சம்பவத்தை முன்வைத்து பிரச்சாரத்தை மேற்கொண்டனர். அதிமுக - பாஜக கூட்டணி 30 இடங்களில் வெற்றி பெற்று அசத்தியது. அதில் அதிமுகவிற்கு 18 இடங்கள் கிடைத்தன. இதையடுத்து அதிமுக ஆதரவுடன் மத்தியில் பாஜக ஆட்சி அமைந்தது. 

அடல் பிஹாரி வாஜ்பாய் பிரதமர் ஆனார். ஆனால் சில நாட்களிலேயே மத்திய அரசுக்கு ஜெயலலிதாவுக்கு கருத்து வேறுபாடு ஏற்பட்டது. தமிழகத்தில் திமுக ஆட்சியை கலைக்க வேண்டும் என்று பாஜகவிற்கு ஜெயலலிதா அழுத்தம் கொடுக்கத் தொடங்கினார். ஜெயலலிதா பரிந்துரை செய்தவர்களுக்கு அமைச்சர் பதவி வழங்கவும் வலியுறுத்தினார். ஆனால் வாஜ்பாய் மறுத்துவிட்டார். இந்நிலையில் 1999-ம் ஆண்டு பாஜக தலைமையிலான ஆட்சிக்கு அளித்து வந்த ஆதரவை ஜெயலலிதா வாபஸ் பெற்றார். இதையடுத்து நடைபெற்ற நம்பிக்கை வாக்கெடுப்பில் ஒரு வாக்கு வித்தியாசத்தில் பாஜக தோல்வி அடைந்தது. வாஜ்பாய் ஆட்சி கவிழ்க்கப்பட்டது.