நக்மா குடும்பத்தில் பல மதங்கள் உள்ளன. அவரது தந்தை அரவிந்த் மொரார்ஜி இந்து, தாய் ஷாமா காஜி முஸ்லிம். தந்தை ஒரு தொழிலதிபர். அவரது முன்னோர்கள் ஜெய்சல்மேரைச் சேர்ந்தவர்கள். மும்பைக்கு வந்து குடியேறினர். தாய் முஸ்லிமாக இருந்தாலும்.. அவரது குடும்பம் சுதந்திரப் போராட்ட வீரர்களின் குடும்பம் என்பது குறிப்பிடத்தக்கது.
ஷாமா, அரவிந்த் 1969ல் திருமணம் செய்து கொண்டனர். நக்மா வயிற்றில் இருக்கும்போதே 1974ல் பிரிந்தனர். அதன் பிறகு ஷாமா, திரைப்பட தயாரிப்பாளர் சந்தர் சதானானியை திருமணம் செய்து கொண்டார். இவர்களுக்கு ஜோதிகா, ரோஷினி (ராதிகா) என்ற இரண்டு மகள்களும், ஒரு மகனும் உள்ளனர்.